近二三十年来复合肥是土壤污染最主要原因之一，比除草剂污染更大。复合肥带来的环境污染主要体现在两方面：①部分复合肥生产商生产工艺差，导致有效含量不高，杂质多；②没有考虑离子形态，导致植物吸收率低，大量肥料残留在土壤中。

复合肥以氮磷钾为主，所谓“三元复合”，氮素可能好一点，像磷、钾元素，特别是复合肥中的磷是磷矿物经过加工处理制成的。磷矿里有毒有害的物质较多，而除了五氧化二磷或氧化钾这些有效养分外（或“3:15”的平衡肥，“20:10:15”的所谓配方肥），其他形态不被吸收。有效成分少、杂质含量多，在土壤里面难以被代谢或被降解。长期施用后，土壤越来越板结，土壤养分下降，只能靠增加施肥量维持土壤肥力，让种植户养成“多用肥”的习惯。